Folkhälsans forskningscentrum har tre forskningsprogram.

Programmet för genetisk forskning (Folkhälsans genetiska institut) leds av professor Anna-Elina Lehesjoki, programmet för forskning i preventiv medicin leds av professor Matti J. Tikkanen och programmet för folkhälsoforskning av professor Johan Eriksson. Anna-Elina Lehesjoki fungerar som forskningscentrets föreståndare.