Folkhälsans forskningscentrum har tre forskningsprogram.

Programmet för genetisk forskning (Folkhälsans genetiska institut) leds av professor Anna-Elina Lehesjoki, programmet för forskning i preventiv medicin leds av professor Matti J. Tikkanen och programmet för folkhälsoforskning av professor Johan Eriksson. Anna-Elina Lehesjoki fungerar som forskningscentrets föreståndare.

Forskningscentrets direktion har som övergripande uppgift att koordinera forskningscentrets verksamhet. Ordförande för direktionen är Mats Brommels och vice ordförande är Göran Djupsund. Direktionens medlemmar är Johan Eriksson, Anna-Elina Lehesjoki (sekreterare), Stefan Mutanen och Matti J. Tikkanen.

Föreståndarens ansvar är att koordinera forskningsprogrammen med stöd av en operativ ledningsgrupp. Anna-Elina Lehesjoki är ordförande för ledningsgruppen, medlemmar är Johan Eriksson, Nina Forss, Peter Hackman, Jukka Kallijärvi, Markku Lehto, Eva Roos, Sabina Simola-Ström, Matti J. Tikkanen och Jaana Welin-Haapamäki (sekreterare).

Forskningscentret har en ekonomiansvarig, Nina Forss, som i samarbete med Samfundets ekonomiavdelning och administrativ koordinator Åsa Rehn upprätthåller forskningscentrets ekonomiadministration. Som ledningens assistent fungerar Jaana Welin-Haapamäki och som forskningsadministrativ assistent Marjatta Valkama. Markku Lehto fungerar som chef för forskningslaboratoriet i Biomedicum Helsinki.

Forskningsstiftelsens styrelse ansvarar för anslagsbeviljning, ändamålsprövning och förkovran av förmögenheten för forskningen. Mats Brommels är ordförande för forskningsstiftelsen och Siv Sandberg är vice ordförande. Medlemmar är Lisbeth Fagerström, Marcus Rantala och Alexander Bargum. I mötena deltar också Stefan Mutanen (ej medlem).